以秦巴山区及我国西北地区药用植物资源为主要研究对象，分别开展其资源与可持续发展研究、GAP及其相关技术研究和天然药物化学等方面的研究工作，搭建中国西部中药现代化相关研究的科学研究与技术平台。现已建成分析测试中心、药用植物资源研究室、药用植物种质资源研究室、药用植物结构与发育研究室、中药材GAP及品种选育研究室、药用植物有效成分提取分离实验室、活性成分筛选实验室、分子药理学实验室、药物剂型设计与评价实验室、药用植物细胞工程实验室和天然药物化学实验室等10余个实验室。